Kütüphane Dokümantasyon Daire Başkanlığı, 15 Nisan 2015 tarihli Resmî Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren 27.03.2015 tarih ve 6639 sayılı Kanun gereğince sağlık temalı olarak kurulan ilk ve tek devlet üniversitesi olma özelliğine sahip olan üniversitemizin idari birimlerinden biridir.
Başkanlığımız, çalışmalarını Genel Sekreterlik Makamına bağlı olarak İstanbul Mekteb-i Tıbbiyye-i Şahane Külliyesi Merkez Kütüphanesi, Ankara Gülhane Prof. Dr. Fuat Sezgin Kütüphanesi ve Ankara Tıp Tarihi Deontoloji Kütüphanelerinde okuyuculara hizmet vermektedir.
Üniversitemiz kütüphanesi, modern tıp kaynaklarının yanında Sağlık Bilimleri Üniversitesinin vermeyi hedeflediği geleneksel ve tamamlayıcı tıp kaynaklarının günümüz Türkçesine transkripsiyonu ve çeviri yoluyla kazandırılması için kadim tamamlayıcı tıp kaynaklarını temin etmek ve gerekli çalışmaları organize etmek üzere yayınlarına başlamış bulunmaktadır.